Dado que la innovación es un motor de la productividad que conduce al crecimiento económico, se estudia el caso de un país en desarrollo como el Ecuador. El objetivo de este artículo es medir el efecto causal de la innovación en la productividad de las empresas distinguiendo el tipo de innovación, es decir, in productos, procesos, organización y marketing. Para ello se estima un modelo de conmutación endógena usando la Encuesta de Actividades de Ciencia, Tecnología e Innovación(STIA, 2011, 2014). Los resultados indican que la pérdida de productividad es mayor para las empresas innovadoras si dejan de innovar que la ganancia de productividad de las empresas no innovadoras si se dedican a la innovación. La diferencia entre pérdidas y ganancias de productividad depende del tipo de innovación.