El análisis de clusters ha llegado a ser un conocido instrumento en la determinación de las innovaciones y el poder competitivo de las economías nacionales y regionales, siendo amplia la variedad de métodos que los investigadores han aplicado en la identificación de los clusters industriales claves. Este trabajo presenta los resultados obtenidos con diferentes metodologías en la identificación de los clusters económicos agregados de Andalucía, “mega-clusters”, utilizando los últimos datos input output disponibles (año 2000). El primer método, basado en la teoría de grafos, clasifica los sectores de acuerdo a la importancia de su mutua dependencia por sus envíos y compras. El segundo, basado en la aplicación de un análisis de componentes principales a la tabla input-output, proporciona clusters conforme a la similitud de las estructuras de compras/ventas intermedias.