El artículo presenta evidencia de que la descentralización incrementa la influencia partidista en la asignación de recursos no programáticos. El modelo emplea un análisis de datos de panel y efectos fijos usando datos que corresponden a transferencias intergubernamentales provenientes del nivel nacional, que pasan por el nivel regional y que están destinadas a inversión para los gobiernos locales de Chile (2008-2018) y Perú (2004 – 2013). Los resultados indican influencia política en la distribución de recursos. La distribución de recursos es usada tácticamente en ambos países en los años de elección presidencial. La aplicación de leyes que aumentan la descentralización política en Chile y Perú aumentó el sesgo político en la distribución de los recursos. Los resultados tienen implicancias políticas y permiten obtener una perspectiva comparada del desarrollo de las instituciones fiscales en ambos países. En un escenario continental, en que los países de América Latina están experimentando un fuerte proceso de descentralización, se sugiere avanzar en reformas que incrementen la transparencia, la rendición de cuentas y participación ciudadana. Adicionalmente, es recomendable limitar las asignaciones no programáticas, y brindar estabilidad a la distribución de recursos públicos.