Este estudio propone la aplicación del marco metodológico de análisis funcional de sistemas tecnológicos de innovación en el contexto de la implementación de una estrategia regional de especialización inteligente. El caso se centra en la industria de la energía solar en la región de Arequipa – Perú. Para esto se realizaron entrevistas, encuestas y talleres con más de 70 actores. Los resultados permitieron plantear iniciativas específicas a partir de identificación de ciertos mecanismos de bloqueo. El enfoque propuesto, puede contribuir al desarrollo de políticas de innovación, con alcance regional, especialmente en territorios de baja infraestructura científico-tecnológica.