Este artículo explica el papel de las comunidades científicas en la innovación regional, y la importancia de buscar tanto la excelencia científica como la pertinencia socioeconómica de su productividad. Se estudió el caso de Ensenada, Baja California, México, mediante un cuestionario aplicado a 95 investigadores. Los resultados demuestran que la comunidad de investigadores ha adquirido liderazgo nacional por la calidad de sus contribuciones, sin embargo, su impacto se limita al contexto académico. Desde esta óptica, resulta vital que los investigadores sigan garantizando la calidad de sus desarrollos, pero también que busquen responder a las necesidades del territorio.