Este artículo analiza cómo las condiciones territoriales influyen en la productividad de empresas manufactureras y de servicios en Ecuador. A través de modelos multinivel, se estima el efecto del porcentaje de población urbana y de la diversidad sectorial regional sobre la productividad total de factores y la productividad laboral, incorporando también el papel moderador de la innovación. Los resultados muestran que cerca del 5% de las diferencias en productividad se deben a la ubicación geográfica. El porcentaje de población urbana tiene un efecto positivo en ambos sectores, mientras que la diversidad sectorial beneficia exclusivamente a la manufactura. Asimismo, se observa que las empresas manufactureras innovadoras potencian los beneficios tanto de la aglomeración como de la diversidad, mientras que las de innovadoras de servicios obtienen ventajas adicionales de la diversidad.